Destacamos neste artigo três programas livres para desenho de estruturas químicas: são eles, o BKChem, oGChemPaint - Chemical Structures Editor, e ainda o JChemPaint.
Em química e áreas afins é necessário muitas vezes desenhar simbolicamente estruturas químicas, simples ou complexas. Por exemplo, com a finalidade de ilustrar um dado trabalho académico ou científico. Existem editores 2D ou 3D. Os três programas que indicamos são editores 2D.
O BKChem permite exportar os desenhos para formatos úteis como ODF, PNG, PDF, SVG. A lista completa de funcionalidades pode ser encontrada aqui. Captura de ecrã:

O JChemPaint, por sua vez, é escrito em Java, como tal tem a particularidade de que o editor pode ser integrado numa página web. A lista de funcionalidades encontra-se aqui. Também tem a possibilidade de exportação para formato Postscript (rapidamente convertível para PDF) e SVG. Captura de ecrã:

A página do gChemPaint refere-nos para a página do Gnome Chemistry Utils. Como a página não contém muitas informações sobre o programa, o melhor é mesmo explorá-lo e descobrir as suas funcionalidades. Captura de ecrã:

O BKChem (Python) e o JChemPaint (Java) são multiplataforma, isto é, podem ser usados em Windows, Linux, Mac OS, e possivelmente noutros sistemas operativos. O GChemPaint destina-se ao ambiente gráfico Gnome, associado a ambientes Linux/Unix.
Nos repositórios Debian/Ubuntu encontra o BKChem e o GChemPaint, pelo que a sua instalação nestas distribuições de Linux é muito fácil. Poderá procurar os programas por exemplo no Synaptic. Relativamente ao JChemPaint, terá de possuir um ambiente Java para executar o programa, que é distribuído como ficheiro .jar (Java executável). Os ficheiros necessários para o colocar a funcionar como applet web são distribuídos dentro de um ficheiro .zip.
fonte: http://www.escolaslivres.org/